Mnichovský diktát v roce 1938 a zábor pohraničních oblastí znamenal řadu komplikací v majetkových poměrech koncernu. Posunutím hranic okleštěné Česko-slovenské republiky do vnitrozemí se dostal plzeňský závod do jejich těsné blízkosti, což bylo německým strategickým záměrem. V zabraném území se ocitly Nýřany a s nimi elektrárna ležící v jejich katastru, kterou zásoboval uhlím důl Krimich II v Tlučné, ležící na českém území. Rovněž muniční továrna u Nýřan na pozemku bývalého Zieglerova dolu byla v obsazeném území. V zabraném pohraničí zůstal elektrotechnický závod Kontakt v Chomutově, a důl Hrabák v Čepirozích. Maďarsko obsadilo o něco později loděnici v Komárně. Hlavní výrobní kapacity však zůstaly nedotčeny. Koncem roku 1938 bylo v koncernu zaměstnáno 49 821 pracovník. (42 676 dělníků a 7 145 úředníků).
Problémy vyvstaly i se zbraněmi vyrobenými pro československý stát, který o ně nyní ztratil zájem. Vláda dala Škodovým závodům povolení hledat si kupce v cizině, včetně Německa a koncern proto na přelomu let 1938 - 39 jedná o jejich prodeji i s německou organizací AGK (Ausfűhrgemeinschaft fűr Kriegsmaterial) a vzhledem k pozdějšímu vývoji samozřejmě zbraně nakonec udává, ovšem aniž by mu byly plně uhraženy.
Stojí za zmínku, že vedení Škodovky, včetně jeho francouzských členů do jejich odchodu na přelomu let 1938-39 (zejména Ch. Rochette) bylo zastáncem další orientace na Západ a podnik iniciativně - bohužel marně - projednává, aby okleštěnému Československu byly poskytnuty v souvislosti s Mnichovem Velkou Británií a Francií slíbené úvěry. Na druhé straně prezident správní rady V. Hromádko, který začínal svou kariéru v ruské části Polska a za první světové války vedl zbrojní závod v Taganrogu, kde pracovalo hodně českých zajatců, se z původního konzervativce spolupracujícího s bělogvardějskou emigrací změnil v příznivce všeho sovětského. Podporoval nejen zbrojní dodávky do SSSR, ale v létě 1939, už po okupaci českých zemí, nabídl za pobytu v Moskvě osobně Stalinovi, že bude pracovat pro Sověty, přičemž ovšem odmítá jakékoli odměny. Tvrdí se, že předal Sovětům řadu důležitých dokumentů a patentů. Stalin se mu po válce odměnil tak, že jej nechal vřelými slovy pozdravovat a Hromádko pak po osvobození je nejen v čele správní rady Škodových závodů, ale i předsedou Čs. svazu průmyslu a z čelných funkcí je odstraněn už jako důchodce až v padesátých letech.
Od počátku roku 1939 byl akciový kapitál koncernu Škoda ve výši 220 milionů Kč, rozdělený na 687 000 akcií, formálně a na krátkou dobu v českých rukou. Ze Schneiderova balíku, který tato firma na přelomu let 1938-39 vzhledem k vývoji mezinárodní situace prodává (oficiálně byla rezignace francouzských zástupců přijata správní radou 21. února 1939), převzalo pod výrazným vlivem státu vytvořené konzorcium Zbrojovka Brno (v podstatě státní podnik) 210 000 akcií (za něž mj. předala své zbrojní patenty, na jejichž základě byl za druhé světové války vyráběn proslulý lehký kulomet Bren) a Omnipol (vlastně Škodovka, která mj. přepouští společnosti L´ Union Européenne při této transakci své akcie Warszawske Wytvórnie Kabli) 105 000 akcií. Další větší partie těchto cenných papírů měla Anglo-Prago banka, která byla od počátku třicátých let po Živnobance hlavním finančním ústavem Škodovky, Pražská úvěrní banka a Živnostenská banka. Zbytek byl rozptýlen mezi drobnější akcionáře. Československé kapitálové skupiny tak držely téměř 400 000 akcií a měly možnost se podílet na řízení podniku.
Dne 15. března 1939 byl zbytek českých zemí okupován a zřízen Protektorát Čechy a Morava. Po poslední mimořádné schůzi správní rady, která se konala 14. března, došlo dne 20. března k formálnímu převzetí koncernu německou správou a jeho postupnému zapojování do řízeného hospodářství a válečné ekonomiky. Válečné hospodářství bylo také nejvhodnějším prostředkem jak ovládnout československou ekonomiku a včlenit jí do německého průmyslu.
Vytvoření protektorátu umožňovalo přesun českého kapitálu do německých rukou. V případě kapitálové skupiny Škoda-Zbrojovka Brno to znamenalo, že byl získán dřívější státní podíl na Zbrojovce (80% akcií držel stát) a poněvadž ta měla po převzetí Schneiderových akcií ve Škodovce rozhodující slovo ve vytvořeném zbrojním konsorciu, vytvořil se tím i kontrolní vztah vůči koncernu Škoda. Kontrolní balík, který spravovalo ministerstvo financí, převzaly pak do své správy německý těžký průmysl reprezentovaný společností Vereinigte Stahlwerke a berlínská velkobanka Dresdner Bank. Podotkněme, že transakce převodu akcií do německých rukou se setkala u vedení Škodových závodů s velkým odporem a řijalo ji s výslovným písemným protestem až když německé vojenské velení, které v prvých dnech okupace podnik spravovalo a další němečtí vyjednavači prohlásili, že jinak se stane ze záležitosti „věc říšského zájmu“ a společnost bude prostě prohlášena za německý státní majetek. Řekněme si dále, že podle odhadů začleněním koncernu do německé výroby vzrostla podle zahraničních odhadů její zbrojní kapacita o více než 20%.
Němci prosadili ihned změny ve správní radě a vyhradili si právo rozhodovat o důležitých záležitostech obou společností ve výkonném výboru, který také ovládli. Předsedou tohoto výboru byl ředitel pražské německé banky Bőhmische Escompte-Bank. Úřadující člen, zastupující německý těžký průmysl měl příkaz k tomu, aby provoz Škodovky byl zastaven, stroje a zařízení demontovány a zčásti převezeny do Tyrol a zčásti do metalurgického kombinátu VOEST v Linci, který patřil k Hitlerovým oblíbeným závodům s velkou perspektivou. Německému průmyslu šlo o to zbavit se nepohodlného konkurenta - Škodových závodů. V květnu 1939 přijel do Prahy z Vídně bývalý zástupce Škodovky v Rumunsku Bruno Seletzky a upozornil prezidenta správní rady ing. V. Hromádka a generálního ředitele ing. A. Vamberského na plán likvidace Škodovky. Nabídl se, že jako protiváhu držitelům gesce nad Škodovkou získá svého přítele, v té době generálního ředitele německé filmové společnosti Tobis-Klangfilm v Římě, Alberta Gőringa, nevlastního bratra Hermanna Goeringa. Ten pak v létě roku 1939, již jako obchodní ředitel Škodovky zejména pro balkánské státy prosadil přes značný odpor předsedy výkonného výboru barona von Ludinghausena, aby byly akcie brněnské Zbrojovky a Škodových závodů převedeny dne 28.srpna 1939 na Reichswerke Hermann Goering A.G., které nebyly vedeny snahami o likvidaci konkurence jako sdružení německého průmyslu, ale měly zájem o co největší rozšíření svého průmyslového imperia. Hlavním důvodem pro neuskutečnění likvidačních záměrů bylo blížící se vypuknutí druhé světové války. Poznamenejme, že A. Goering vystupoval za války jako tajný antinacista a zachránil varováním některé české pracovníky před zatčením, takže po válce byl národním soudem v Praze osvobozen.
Nacisté přitom i ve Škodovce zavedli při řízení tzv. „vůdcovský systém“. Formálně se to projevilo tak, že Hitler schválil H. Gőringa jako „vůdce“ HGW a tím i Škodovky, H. Goering ze své „vůdcovské“ pravomoci zase jmenoval svým zastoupujícím „vůdcem“ těchto podniků generála letectva von Bodenschatze, který jmenoval další nižší „vůdce“.
Za okupace se podařilo Němcům získat nejprve 47 978 akcií nákupem na volném trhu a násilným odkupem od některých pražských bank. Roku 1941 přitom zvýšili akciový kapitál Škodových závodů z 220 na 687,5 milionů korun a to prostým nakolkováním akcií na vyšší hodnotu. Postupně pak získali v letech 1942 a 1943 další akcie nuceným výkupem od českých akcionářů. Sem patří mimo jiné výkup 81 000 akcií od Omnipolu Praha, které byly převedeny na nově vytvořenou HGW ovládanou jakousi holdingovou společnost Waffen-Union Škoda-Brűnn, spravující obě největší české zbrojní společnosti a jejich koncernové závody a firmy, včetně zahraničních. Německá držba koncentrovaná v této společnosti dosáhla nejvyššího počtu 173 084 akcií, t.j. asi 26% celého akciového kapitálu. Tyto nákupy akcií se staly po osvobození neplatnými na základě dekretu prezidenta republiky ze 16.5. 1945 o neplatnosti majetkových převodů, uskutečněných pod nátlakem za okupace. Škodovy závody byly páteří koncernu, který zahrnoval Zbrojovku Brno (nacisté je určili jako svého druhu firmu řídící) a je pozoruhodné, že tato holdingová společnost měla pouze nevelký počet akcií, takže její vliv pramenil z mocenských příčin nikoli z kapitálové účasti. Je to školský příklad menšinové účasti s rozhodujícím vlivem. Podle stavu k 31.prosinci 1941 bylo takovéto rozdělení akcií: Zbrojovka Brno 30,54% (řízená ovšem nadále jako státní podnik, kde Němci pokládali svůj řídící vliv jako dominantní), Omnipol a.s. 15,27%, Reichswerke Hermann Gőring 6,98%, Agrární banka 1,16 %, Živnostenská banka 2,62%, Pražská úvěrní banka 2,91%, Česká eskomptní banka 0,73%, drobnější akcionáři 39,79%.
Takovéto rozvržení akcií se udrželo v přibližně stejném poměru i v roce 1944. V té době patřilo ke koncernu Škodových závodů 43 podřízených podniků, z nichž 10 bylo v Protektorátu Čechy a Morava a 33 mimo toto území. Dále zde bylo 8 minoritních akciových účastí, z nich 5 v podnicích se sídlem v protektorátu.
Začlenění Škodových závodů do Hermann Gőring Werke také přineslo jednu zvláštnost. Ve vedení podniku byli vysocí funkcionáři SS (byť patřící do tzv. hospodářské skupiny při SS), např. prezident správní rady W. Voss byl SS Gruppenfűhrer, šéf Abwehru při HGW Rolf Reiner byl dokonce Obergruppenfűhrerem a SS si přitom stěžovala, že je odstrkována při vyzbrojování a Škodovka zase na to odpovídala, že je omezována německými úřady ve vývoji a nucena vyrábět převážně německé typy. V letech 1941 - 42 se proto Voss obrátil na Reichfűhrera SS H. Himmlera s návrhem, aby se Škodovy závody staly zbrojovkou SS, což Himmler nadšeně schválil. Plán sice zůstal nezavršený, ale přispěl k tomu, že Škodovy závody byly brány u německých míst s daleko větším respektem. K tomu ostatně pomohlo i velmi kladné hodnocení samotného Hitlera, jenž po porážce Francie napsal Vossovi děkovný list, zdůrazňující, jak se na tom velmi podílely právě české zbraně „od nejmenšího až do nejtěžších kalibrů“. Škodovým závodům, resp. jejich německému vedení, je proto též po útoku na SSSR nabízeno, aby si zde vybraly podniky, které jim po vítězství budou přiděleny.
Za války se však některé zahraniční filiálky a zastupitelstva Škodových závodů nepodřídily německému vedení. Nejdůležitějším byl případ íránských zastupitelství, které se (i vlivem v této zemi pracujícího čs. odbojáře a vysoce postaveného zpravodajce Hicke-Stoje přihlásili k poslušnosti londýnské emigrační vládě (kde se za generálního ředitele Škodovky prohlásil pozdější emigrační ministr Eduard Outrata z titulu toho, že tuto funkce pár dní vykonával ve zmatených časech sklonku druhé čs. republiky, kdy formálně stát převedl Škodovku do vlastnictví státní Zbrojovky Brno, jejímž byl Outrata generálním ředitelem). Íránské společnosti Škodových závodů pak nemálo pomohly při financování čs. emigrační vlády, budovaly pro spojence kulometný závod atd. Německé vedení Škodovky se snaží situaci změnit., když do Íránu posílá české pracovníky pražské centrály (ing. Petr, Pštross-Šafařík) a další, kteří se snaží přimět tamní filiálky k poslušnosti novému protektorátnímu vedení, avšak tato akce byla zmařena, když v srpnu 1941 byl starý šáh Rezá Pahlaví, projevující proněmecké sympatie, svržen, na trůn nastupuje jeho probritsky orientovaný syn a v zemi jsou rozmístěny britské a sovětské jednotky.
Na osudech akciové společnosti Škoda Brasileira, založené v roce 1937 si můžeme ozřejmit situaci jiných podobných společností, působících v zahraničí v neutrálních státech jako Argentina, nebo v zemích, které v dalších válečných letech podporovaly válečné úsilí Spojenců. Škoda Brasileira zaměstnávala několik desítek pracovníků, Čechů a Slováků a místních obyvatel. Krátce po založení akciové společnosti vzniká jako dceřiná společnost firma Omnipol Brasileira. Za protektorátu se jejich situace značně zkomplikovala. Bylo nebezpečí, že obchodní spojení budou přerušena a převody peněz z Brazilie posílí hospodářskou pozici okupantů. Proto se vedení snažilo blokovat pohledávky, aby nedošlo k transferu peněz do protektorátu a naopak Škodovy závody postupují své pohledávky firmě Škoda Brasileira. Z těchto peněz došlo k založení dílny. Protože vedení brazilské společnosti se dostalo do rukou protinacisticky zaměřených osob, rozhodli se Němci, kteří již měli Škodovku pevně v rukou, dosadit na místo českého ředitele Němce. Když tento zákrok nebyl účinný pro protiněmecké smyšlení většiny osazenstva, vysílají nacisté v létě 1941 hitlerovského agenta Englinga, který působil v době Francova puče ve Španělsku. Ten byl vybaven plnými mocemi ze Škodovky a měl převést brazilské zastupitelství pod německou kontrolu. Podává na ředitele ing. Pokorného žalobu pro zcizení protektorátního majetku. Její projednání přerušilo vypovězení diplomatických styků Brazilie Německu, po kterém dal ing. Pokorný agenta Englinga zatknout. Brazilská Škodovka se poté pokouší ve své dílně zavést výrobu ručních granátů.
V roce 1942 uznává Škoda Brasileira emigrační vládu v Londýně, jejíž orgány sledují a částečně využívají její činnost. V srpnu 1942 vypovídá Brazilie válku státům Osy. Podniky, které jim náležely byly obsazeny a nařízena jejich likvidace. Tehdy se dostala i Škoda Brazileira na černou listinu a bez vědomí a proti pozdějším protestům velvyslanectví Spojených států byla nad ní vyhlášena nucená správa. Ta trvala od března 1943 do počátku roku 1944. Po válce se zdálo, že se obchodní styky s Brazilií budou rychle rozvíjet, ale při reorganizacích našeho průmyslu na sklonku čtyřicátých a počátku padesátých let bylo zastoupení Škodovky zredukováno na jedinou místní firmu, která zastupovala Škodovku a další československé podniky s různými výrobky ve státech Sao Paulo a Triangulo Miniero.
V roce 1939 byly Škodovy závody přinuceny uzavřít nájemní smlouvu s německou vojenskou správou, kterou zastupovala berlínská firma, o převzetí dříve čs. státní vojenské muniční továrny v Poličce a tím příjmout odpovědnost za výrobu v závodě, který byl vybudován počátkem 20. let na rozloze 56 hektarů pro československou armádu. Poličsko bylo postiženo mnichovským záborem jako poslední německá enkláva dne 10. 10. 1938. Při určení demarkační linie šlo jasně o německou snahu získat tuto muniční továrnu. Po šesti týdnech se demarkační linie upřesnila a Polička se vrátila na české území. V roce 1945 převzala závod opět vojenská správa.
Během války byly Škodovy závody přinuceny, aby do zbrojních investic vložily z vlastních prostředků miliardy korun. Šlo zejména o rozšiřování plzeňských zbrojních provozů, výstavbu tzv. Avie II atd. V roce 1941 byla zahájena výstavba slévárny lehkých kovů pro letecký průmysl v Plotišti u Hradce Králové. Tento závod (tzv. LGK), kde pracovalo 1762 zaměstnanců byl v roce 1945 připojen k závodu Škoda v Hradci Králové a byla zde zahájena výroba mostních konstrukcí. Rovněž poblíž Hradce Králové byla v roce 1944 zahájena výstavba závodu v Račicích, který měl vyrábět tanky. Nebyl však dokončen a budovy byly po roce 1945 využívány jako skladiště. Škodovy závody byly nacisty přinuceny přebírat řízení výroby i v atypických provozech, jakým kupř. byla štěpírna slídy (pro okénka v letadlech) u Tábora, tzv. Glimmerspalterei Tabor, kde pracovali i vězni z koncentračních táborů. V druhé polovině války získala Škodovka elektrotechnickou firmu a. s. Chaudoir - Křižík.
Nařízením Slovenského štátu z roku 1940 bylo Škodovým závodům uloženo, buď své závody na Slovensku přeměnit na slovenské společnosti, nebo zde zřídit reprezentace. Vedení Škodovky se rozhodlo pro zřízení reprezantací pro Slovensko od 1. 1. 1941 se sídlem v Dubnici nad Váhom a v Bratislavě. Škodovy závody dostaly během války do správy i některé nové slovenské závody - v onom v Trenčianských Biskupicích se kupř. vyráběla úsporná letadla typu Kauba. V jejich hlavním podniku v Dubnici se prováděla část výroby a montáž děl a laborace munice. V dubnu 1945 zničili někteří fanatičtí němečtí zaměstnanci vedení ředitelem Sonnewendem (původně se v ČSR jmenoval Rybnicek) za pomoci ustupujících německých jednotek, podzemní část dubnické zbrojovky i muničku (podobný osud potkal i zbrojní provozy Škodovky v Adamově). Po znárodnění byl závod v roce 1950 vyčleněn ze Škodových závodů v Plzni.